Lo primero que debemos hacer en instalar el servidor de X, en nuestro windows, existen varios de ellos, el que yo he probado y va bastante bien es el Xming, además es gratuito.
Una vez instaladas las X y en ejecucion, en la configuracion del putty debemos de activar el X11 forwarding. Para ellos nos vamos:
>SSH->X11 y activamos X11 Forwarding
También debemos de comprobar que en nuestro servidor linux el servicio de sshd, permita el forward de X11, para ello debe de estar la siguiente entrada en /etc/ssh/sshd_conf
X11Forwarding yes
Una vez que lo tengamos todo configurado, nos conectamos por putty a nuestra maquina linux y ejecutamos el programa que deseemos. Por ejemplo el virt-manager, os dejo una captura.

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